Првата симболична активност во органскиот сектор во Македонија се забележува во 1997 година, кога Алкалоид побарува прв органски сертификат во земјата со цел дивите билки (липа, камилица) да ги продава како органски на националниот пазар.
Првите системски активности во сферата на органското земјоделие во Македонија практично се имаат случено во 2000та иницирани од страна на ФИБЛ (FIBL) / Швајцарскиот проект за развој и соработка, а подоцна било поддржано производство на органски јапонски јаболка од страна на Швајцарската програма за увоз (SIPPO). Првата контрола на органско производство во земјата се има случено во 2003 година. Првиот сертификат за органско производство е издаден во 2004 год. Законот за органско производство е донесен 2010 год.
Во 2006 околу 500 хектари во земјата биле под органски насади, придонсувајќи со околу 0,4% од вкупната површина под земјоделски насади во земјата